Uplynul rok od svatby Sally a Jacka Skellingtona, a Sally je královnou města Halloween. Královské povinnosti ji vyčerpávají, a k tomu se nepěkně zvrtne zahajovací halloweenská výstava. Sally a její učednice, panenka Luna, propadnou tajemným portálem do Města času, kde někdo poškodil hodiny. Teď musí obnovit chod času, aby se mohly vrátit domů. Vteřiny zběsile utíkají, a zatímco Sally bojuje za záchranu Jacka a svého rodného města, přemýšlí, jakou budoucnost si vlastně přeje – a co pro ni musí obětovat.